I dag er hovedbygningen er indrettet med hotellejligheder, sidefløjen med et hotel i kælderen, og havehuset med boliger.
Hovedbygningen langs kanalen blev opført tilbage i 1754. Oprindelig blev bygningen brugt som opfostringshus for drenge, men i 1776, blev navnet ændret til det legendariske navn Søkvæsthuset. I dag har den skiftet navn fra Søkvæsthuset til Kanalhuset, og er blevet indrettet med lejligheder.
I en lang periode blev Søkvæsthuset anvendt som hospital for den danske flåde, for til sidst at tjene som domicilejendom for Farvandsvæsenet. Sidefløjen i Bådsmandsstrædee, som er fra 1780, blev i 1984 overdraget til Orlogsmuseet.

Søkvæsthuet består af i alt fem ejendomme. Hovedhuset, sidefløjen og havehuset, som blev genopbygget i 1832 efter en brand, en portnerbolig på 98 kvm, en gartnerbolig på 196 m2 samt nogle mindre garagebygninger. Det har et samlet areal på 8826 m2, hvor de 6241 m2 er til erhverv. Hovedbygningen er tegnet af arkitekt Johan Christian Conradi er på 3528 m2, og sidefløjen som rummede Orlogsmuseet er på 2.339 m2
Baggrund for kommuneplantillægget er et ønske fra grundejer om at indrette hotel, boliger og serviceerhverv i bygningerne. Søkvæsthuset ønskes anvendt til hotel.. Orlogsmuseet ønskes anvendt til serviceerhverv, og Havehuset til boliger,
Kanalhuset
Søkvæsthuset er i 2021 indrettet med en Bar & Restaurant samt 14 hotellejligheder, mens sidefløjen er indrettet med 12 hotelværelser i kælderen. Havehuset genopbygget i 1838 og beboet af Heiberg formodes at være et privat domicil, mens den resterende plads er til serviceerhverv.

I 1984 blev fløjen i Bådsmandstræde stillet til rådighed for Orlogsmuseet, som efter en gennemgribende istandsættelse åbnede den 4. oktober 1989. I 2004 blev museet lagt sammen med Tøjhusmuseet, men de to museer opererede uændret på deres respektive adresser. Statens Forsvarshistoriske Museum, som det nu blev kaldt, blev nedlagt i 2014. og de to museer blev lagt ind under Nationalmuseet. Orlogsmuseet i Søkvæsthuset lukkede den 1. januar 2016, og samlingerne blev i første omgang flyttet til Tøjhusmuseet Det hele skulle nu være samlet på Søfartsmuseet i Helsingør-
Søkvæsthuset
Historisk beretning af Orlogskaptajn Anker Nissen ved Uni-Safe’s julefrokost 1999 i Søofficers-Foreningen